Wirus może nas zaskoczyć, ale też nie dajmy się zwariować

Doniesienia naukowe w dobie COVID-19 wymagają od nas wiele ostrożności. Doniesienia naukowe w dobie COVID-19, zwłaszcza te jeszcze niezrecenzowane, wymagają od nas wiele ostrożności. Bardzo łatwo o kolejne „burze medialne”, wcale nie mniej toksyczne dla nas od indukowanej przez pandemicznego koronawirusa burzy cytokinowej. Wzbudzające zainteresowanie nienaukowej publiczności prace badawcze prowadzone dziś intensywnie nad wirusem SARS-CoV-2 dzielą się zasadniczo na dwie kategorie: robione przez zespoły wirusologów oraz robione przez zespoły uczonych innych specjalności. Często bez żadnego wcześniejszego zaangażowania w badania wirusologiczne. Czasami niezmiernie utytułowanych, co nie zmienia postaci rzeczy, że zdarzać się wtedy może, iż nawet niezłe czasopisma naukowe mogą wypuścić pracę sprawozdającą nie tyle fakty, co artefakty. A już na serwisach preprintowych (publikujących badania naukowe jeszcze przed recenzjami specjalistów, w wersjach przed jakąkolwiek krytyczną oceną czy redakcją) od takich prac się wręcz roi. Pierwszy z brzegu przykład takiego „uczonego artefaktu”? Proszę bardzo. Oto praca hipotetyzująca na temat wewnątrzkomórkowego działania amantadyny z renomowanego w świecie antybiotyków i chemioterapeutyków czasopisma „International Journal of Antimicrobial Agents” z czerwca 2020 r. Wymienione w tej publikacji jako kluczowe dla działania wirusa ludzkie enzymy proteolityczne to tzw. katepsyny. Na ich funkcjonowanie w pęcherzykach wewnątrzkomórkowych, zwanych lizosomami, miałby wpływać ten najgłośniejszy od kilku tygodni lek w Polsce. #wieszwiecej Polub nas Działanie amantadyny miałoby zatem hamować proces infekcji SARS-CoV-2 przez zaburzanie owych zależnych od katepsyn procesów lizosomalnych. Otóż fakty są takie, że katepsyny są istotne wyłącznie w modelach zakażenia wirusem komórek nowotworowych in vitro. Tak to już jest, że linie komórkowe, których używa się do badań w laboratorium, to są komórki nowotworowe. Czyli nieśmiertelne, ciągle dzielące się, charakteryzujące się licznymi mutacjami i zupełnie innym funkcjonowaniem w wielu aspektach swego życia niż komórki zdrowe.Zatem w komórkach nienowotworowych katepsyn jest za mało i ich rolę przejmują proteinazy serynowe, zupełnie inne w swej naturze od katepsyn. Proces wejścia wirusa SARS-CoV-2 do komórek naszych nabłonków oddechowych nie odbywa się drogą tzw. endocytozy, wiec lizosomy nie maja nic do niego. Ergo, nawet jeśli amantadyna działa (co wykażą lub nie zainicjowane właśnie w Polsce badania kliniczne), nie robi tego na drodze zaproponowanej w tej ani w kilku innych publikacjach. Nie działa tak, bo nie ma takiej możliwości. Czy zatem działa oraz w jaki sposób, to się okaże w badaniach uwzględniających wirusologiczne fakty, a nie artefakty. Trudno zrozumieć to, co napisałam wyżej, bo na 20 użytych powyżej fachowych terminów człowiek z maturą lub studiami nieprzyrodniczymi rozumie maksimum 4-5? Ja się tu jednak nad nikim nie znęcam – próbuję jedynie sprawić, aby czytelnicy zrozumieli pewien problem, w którym tkwimy. Albo czytając publikacje naukowe musimy być sami być zdolni je krytycznie rozumieć i oceniać, albo ktoś naprawdę w materii wirusologicznej biegły musi nam to wyłożyć. Tak, nam, nie wam, drodzy państwo. Ja jestem na tej samej co wy liście osób wymagających czasem fachowych wyjaśnień. Gdy zatem natykam się na takie „kwiatki”, zastanawiające w publikacjach naukowych, to mam kilka „adresów” światowej sławy specjalistów, do których uderzam z pytaniem. I dostaję wyjaśnienia, które jako mikrobiolog i biolog molekularny jestem w stanie zrozumieć mniej więcej w lot. I czasem próbuję to spopularyzować. Przełożyć na język zrozumiały dla większości. Czy trzeba by pisać list do redakcji tysięcznych już dziś czasopism naukowych i dyskutować z zauważonymi artefaktami? Tak byłoby najlepiej, ale czasem to kopanie się z koniem, a czasem dramatycznie czasochłonne zajęcie, z którego nic nie wynika dla osobistej kariery naukowej interweniującego. Za to nie ma punktów i grantów. Kolejne kontrowersyjne badanie pojawiło się na razie wyłącznie na serwerze preprintowym (czyli prezentującym publikacje niepoddane żadnym krytycznym recenzjom specjalistów ani wydawcy) 13 grudnia 2020 r. Tym razem badanie pochodzi z naprawdę utytułowanego laboratorium (ciężko jest trafić wyżej zawodowo niż grupa pracująca na co dzień w Whitehead Institute for Biomedical Research w amerykańskim Cambridge). Jednocześnie ta grupa, kierowana przez Rudolfa Jaenischa, ma doświadczenia w badaniach nad epigenetyką, a nie nad wirusami i ich działaniem w komórkach. Nie wnikając głęboko w temat, czym jest epigenetyka, to jest zupełnie inny biegun badań w zakresie biologii molekularnej. Omówienie tego niezrecenzowanego jeszcze badania odbyło się praktycznie natychmiast na łamach internetowego wydania „Science” w materiale autorstwa dziennikarza naukowego Johna Cohena . W skrócie telegraficznym, opowiada ona o doświadczeniach przeprowadzonych na hodowlach komórkowych. Doświadczenia miały pomóc zrozumieć, dlaczego niektórzy chorzy na COVID-19 tak długo utrzymują w sobie fragmenty RNA wirusa SARS-CoV-2, co odzwierciedla wciąż dla nich pozytywny test RT-PCR specyficznie je wykrywający. Moim skromnym zdaniem warto było przed wszczęciem tych badań dobrze popytać o opinię doświadczonego diagnosty wirusologicznego, co to znaczy „wykrywalny RNA” w takich sytuacjach, ale badacze wyszli z założenia, że nic nie wiemy, dopóki nie przeprowadzimy eksperymentu. Choć dla większości uczonych jest jasne już od jakiegoś czasu, że nosiciele tacy (którzy są ciągle pozytywni w RT-PCR, ale od zachorowania mijają już kolejne tygodnie) nie są zakaźni, sama naukowa zagadka jest warta naświetlenia.Uczeni z Cambridge w stanie Maryland postanowili zatem sprawdzić, czy sekwencja RNA koronawirusa może ulegać odwrotnej transkrypcji, czyli przepisaniu z RNA na DNA za pomocą enzymu odwrotnej transkryptazy (tak, jak to ma miejsce w próbówce do testy RT-PCR na COVID-19), ale w komórce. I czy następnie może się ona wintegrować, czyli trwale wskoczyć w genom owych eksperymentalnych komórek. Gdyby tak się działo, RNA koronawirusa modyfikowałby genom. Oczywiście co innego komórki, które przygotowano w ten sposób, by miały w sobie wydajną aktywność enzymu odwrotnej transkryptazy – a co innego pacjenci, którzy takiego enzymu o dużej efektywności i akceptującego jednoniciowy RNA jako matrycę do swego działania po prostu w komórkach nie mają. O ile nie są nosicielami wirusa HIV. Ten wirus, jak wszystkie retrowirusy, ma swoją odwrotną transkryptazę i dlatego dziś, po milionach lat ewolucji naszego gatunku i jego bezpośrednich przodków na naszej planecie, 8 proc. naszego genomu to sekwencje pochodzące od retrowirusów. Jednak koronawirusy nie są retrowirusami. Zatem pytanie brzmi: czy badanie takich możliwości, jak integracja koronawirusa do naszego genomu, w zupełnie sztucznym systemie, który zasadniczo w komórkach większości z nas nie występuje, ma jakikolwiek sens biologiczny? Problem w tym, że jedynie specjaliści są w stanie ocenić znaczenie takich badań dla sytuacji realnej, występującej w nas. My zaś, spotykając takie „nagie” wyniki w postaci publikacji naukowej, a nawet jej omówień, które po prostu tłumaczą, co uczeni napisali, nie poddając tego analizie krytycznej, możemy z tego wyciągnąć wnioski nieuprawnione. Na przykład taki, że RNA wirusa SARS-CoV-2 może nam się, i to często, wintegrowywać w genom, co może nas prowadzić do jeszcze bardziej błędnych wniosków dotyczących np. genetycznych szczepionek przeciw koronawirusowi. Przede wszystkim w tej pracy brakuje, jak podkreślają krytycy, solidnych dowodów na występowanie w genomach osób, które przeszły zakażenie SARS-CoV-2, śladów na tego typu włączenie się sekwencji RNA wirusa w ludzki DNA . A gdy się takie ślady bada, trzeba zastosować co najmniej kilka niezależnych metod molekularnych ich potwierdzenia. Czyli – rozważania są teoretyczne, pokazane w sztucznym systemie, ich tzw. związek z biologiczną rzeczywistością jest nikły. Natomiast dla biologów zajmujących się meandrami funkcjonowania kwasów nukleinowych takie rozważania mogą być interesujące. Jednocześnie jednak u osób zainteresowanych zupełnie czym innym tylko wywołują zamęt. Są wyzwaniem intelektualnym, któremu sprostanie jest dla większości z nas bardzo trudne. Autorzy badań zetknęli się ze sporą, da się nawet powiedzieć, zmasowaną krytyką wielu wirusologów. Nierzadkie są komentarze o „mocnych, niebezpiecznych i w dużej mierze nieuzasadnionych wnioskach w tej pracy”. Jaenisch próbuje na nie odpowiadać, podkreślając, że artykuł jasno stwierdza, iż integracja , o której spekulują autorzy badania, nie mogłaby doprowadzić do powstania zakaźnego SARS-CoV-2. Choć są i tacy prominentni uczeni, jak jeden z odkrywców wirusa HIV Robert Gallo, którzy piszą w wypowiedzi dla „Science”, że „praca, choć niekompletna, im się podoba i może okazać się prawdziwa”. Spekulacje … nauka lubi je i karmi się nimi. Często są jak ożywcze tchnienie. A jednak w dobie globalnego przepływu informacji, wypływają one z czterech ścian instytutów zamkniętych niczym wieże z kości słoniowej i wychodzą „w lud”. Poznawczo i edukacyjnie nieprzygotowany, żeby sobie z tymi spekulacjami intelektualnie krytycznie i mądrze radzić.Mam wrażenie, że większość mających dotąd miejsce burz medialnych wokół COVID-19, które nie miały źródła w złej woli, miały właśnie swój początek w takim nieuważnym ze strony naukowców publikowaniem spekulacji czy hipotez oraz prac próbujących jakoś powiązać SARS-CoV-2, wirusa, na którym ci konkretni uczeni się znają mało, z czymś, na czym znają się świetnie. I to może prowadzić do wielkich odkryć, a także do zamieszania i burz. Uczeni muszą się nauczyć dostrzegać, że przestali być odizolowani od społeczeństwa. Że pandemia wzmogła wszelkie zainteresowanie publiczności, niestety jednak jednocześnie niekoniecznie głęboko podniosła wiedzę ogółu na tematy z zakresu badań biomedycznych. Jak wyjaśnił mi prof. dr hab. Paweł Golik, Kierownik Instytutu Genetyki i Biotechnologii Wydziału Biologii Uniwersytetu Warszawskiego: „W tej pracy badawczej specjalnie zaindukowano ekspresję odwrotnej transkryptazy w komórkach w hodowli. Przełożenie tego na to, co dzieje się w organizmie zdrowego człowieka, jest co najmniej wątpliwe. Może być ewentualnie interesujące dla przypadków koinfekcji SARS-CoV-2 u chorych na AIDS. Każdy, kto choć trochę liznął biologii molekularnej człowieka, wie, że w komórkach w hodowli mogą dziać się cuda, które nie mają nic wspólnego z tym, co dzieje się w organizmie”. Już wcześniej pisałam o problemie związanym z tym, że pandemia otworzyła szybką ścieżkę do publikowania czegokolwiek, co dotyczy SARS-Cov-2. W świecie „publish or perish” (ang. publikuj albo giń) to prowadzi do wypaczeń.